超净台的工作原理是由风机从环境中吸入空气，先经过称为“初效过滤器”的一块类似泡沫塑料的天井棉，将空气中的大颗粒尘埃过滤掉；然后再通过被称为“高效过滤器”的HEPA滤膜，将剩余的大于0.3微米的小颗粒尘埃滤去。通过两层的过滤，进入超净台腔内工作区域的空气达到100级的无尘标准，由于细菌等微生物在空气中只能附着尘埃存在，故超净台在达到无尘的同时也做到了无菌。

    超净台的使用范围为生化实验室、生物制药、光电产业、微电子等领域。超净台的类型分为垂直流超净台和水平流超净台。所谓垂直流指的是经过过滤的洁净空气自上而下吹向超净台台面，然后再向前后吹出超净台，垂直流的超净台通常在生物医药行业的实验中使用；而水平流指经过过滤的洁净空气自后向前直接吹向操作者，水平流的超净台通常在电子行业及植物种植中被使用到。